В 1528 г., в Антониевом монастыре к юго-западу от Рождественского собора началось строительство церкви Сретения с трапезной палатой. Храм был освящен в 1537 г.
Церковь и трапезная неоднократно перестраивались. В 1900 г. храм пострадал от пожара, внутри сгорел иконостас, установленный в 1803 г. Вскоре после пожара был возведен новый резной иконостас. В 1902 году по инициативе ректора семинарии и архимандрита монастыря Дмитрия (Сперовского) к нему с северной стороны был пристроен придел в честь свт. Тихона Задонского, выпускника и преподавателя Новгородской духовной семинарии.
В 1960 году здания ремонтировали, провели в небольшом объеме исследовательские работы, что позволило архитектору Л.Е. Красноречьеву выполнить графическую реконструкцию церкви XVI в.. До недавнего времени в ней располагался спортивно-педагогический комплекс. 7 декабря 2012 года, в день памяти св. вмц. Екатерины, Митрополит Новгородский и Старорусский Лев совершил освящение придела в честь свт. Тихона, еп. Воронежского, Задонского чудотворца.
Со 2 февраля 2013 г. в храме постоянно совершаются богослужения.
